Pessoal quero colocar em práticas alguns conceitos estudados, chega ler e vamos colocar a mão massa, por onde começo um projeto?
No Eclipse vá no menu File->New->Other
Lá vai ter vários tipos de projetos(Java Project,EJB Project, JavaScript Project,Web Project…) 
Sabe o que quer fazer?
Quais conhecimentos já tem? Estudou onde? Livro? na web?
Conhece alguma IDE?
Procura no google tutoriais completos onde mostrar todo desenvolvimento de um projeto.
Valeu a dica, mas na verdade meu problema se resume por onde começar um sistema, comprei um livro de arquitetura de software pra entender os conceitos de desenvolvimento.
Começo um projeto e logo descubro q vou ter q refazer algumas classes, métodos , interfaces etc…
[quote=marciojesus]Valeu a dica, mas na verdade meu problema se resume por onde começar um sistema, comprei um livro de arquitetura de software pra entender os conceitos de desenvolvimento.
Começo um projeto e logo descubro q vou ter q refazer algumas classes, métodos , interfaces etc…[/quote]
Pra isso existe um recurso muito útil chamado Diagrama de Classes.
Primeiramente você deve listar todas as entidades do sistema, determinar relacionamento entre elas, agregação, etc.
Depois você desenha isso com UML.
Aí é só começar a codificar! 
Eu geralmente começo pelas classes de negócio. O diagrama de classes ajuda a identifica-las, especialmente no início da carreira.
O importante é começar, pois o resto vai no embalo. Da classe de negócios vc terá que se preocupar em persistência, em interface gráfica, etc…
Os seus primeiros projetos provavelmente irão ficar um lixo do ponto de vista de estruturação. Mas é normal - júnior é júnior.
Ninguém começa abafando. Mas todo mundo tem que começar de algum lugar.
Sugestão para a criação de um sistema básico:
1º Passo-Diagrama de domínio;
2º Passo-Diagrama de classe;
3º Passo-Diagrama de entidade e relacionamento;
Lógico que falta muita coisa, mas com as informações acima levantadas, você já terá respaldo suficiente para começar a pensar na arquitetura do seu software, bem como camadas, tecnologias necessárias e frameworks;
Bobagem pular esta etapa pois isso resultará em perda de tempo, dinheiro e retrabalho, outra dica que dou é criar mockups de tela, isso ajuda muito na construção da camada de visão.