Boa tarde galera, estou tentando fazer varias alterações em banco conforme os dados de uma tabela. Porém a instrução fica executando e não termina justamente no ponto destacado.

Alguém poderia ajudar, é possível fazer o que estou tentando, qual seria a maneira correta.
Seu código não está performático, você criando uma instância de PreparedStatement em cada iteração do for não fica legal, tente isso e veja se ajuda…
...
String sql = "UPDATE FP32T5 SET FP32COD = NULL WHERE FP32NOME = ?";
PreparedStatement ps = new con.prepareStatement(sql);
for (int x = 0; x < numeroLinhas; x++) {
...
ps.setString(1, nome);
ps.executeUpdate();
}
Perceba que a string sql não precisa ser redeclarada no laço, assim como ps, cria-se uma única vez e reaproveita o conteúdo, mudando apenas o nome a cada iteração…
Ou, melhor ainda:
for (int x = 0; x < numeroLinhas; x++) {
...
ps.setString(1, nome);
ps.addBatch();
}
ps.executeBatch();
A melhor maneira é a que o pmlm colocou
Através de addBatch();, você adiciona conjuntos de parâmetros ao objeto ps.
Ao executar ps.executeBatch();, você está enviando um pacote de comandos para serem executados no banco.
Eu tinha tentando dessa forma, pois tive esse pensamento também, realmente não fica legal, mas após não ter dado certo apenas dei um ctrl + z e pensei vou pedir ajuda para os feras. Mas de qualquer forma amanhã de manhã farei os ajustes e dou um retorno.
Acho que é exatamente isso que precisava, executar vários comandos sql em um só bloco. Testarei amanhã de manhã.
Grato pelo esclarecimento do comando, não tinha conhecimento do mesmo.