Retirar somente o Digito 0 dos CNPJ que começa com 0

String cpnj = "04702609000190";

if (cnpj.charAt(0).equals("0")) {//Verifica se o 1º dígito do CNPJ é igual a 0
    cnpj = cpnj.substring(1,14);//Ignora o 1º dígito da String
}

public String CNPJ(String cnpj) {
    char firstIndex = cnpj.toCharArray()[0];

    if (firstIndex == '0') {
        return cnpj.replaceAll("[./-]", "").replaceFirst("0", "");
    } else {
        return cnpj.replaceAll("[./-]", "");
    }
}

String cnpj = "04702609000190"; //formatacao removida
cnpj = Long.valueOf(cnpj).toString();
System.out.println(cnpj);

String cnpj = "04702609000190";
String cnpjSemZeroNoInicio = cnpj.replaceAll("^0*", "");