Bem amigos venho eu aqui novamente tomar um pouco de sua paciencia . tenho 3 coisas para perguntar
1-) A primeira vai parecer um pouco de ignorancia mas o que acontece é que não sei e acho melhor perguntar do que ficar com cara de bobo não é , gostaria de saber o que vem a ser um servidor de aplicação vejo muito falando deste Jboss , mas não entendi ainda para que serve um servidor de aplicação. Desculpem a minha ignorancia é pq estou aprendendo né e vejo muito falar disso
2-) Gostaria de saber o que são os arquivos .jar e para que serve ?
3-) Um projeto em java geralmente você não cria um arquivo executavél para que mantenha sua opção pela multiplataforma só que vejo na internet varios programas que pegam o arquivo .class que é gerado no java e vem todo o codigo fonte dele gostaria de saber como posso proteger o codigo para distribuição do meu aplicativo , sendo que não tenho um executavel e sim um class. E gostaria de saber se existe outro jeito de distribuir o aplicativo para que o cliente não tenha acesso ao codigo
Isso ja foi bastante discutido aqui no forum. Eis alguns topicos:
JAR:
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1380&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1295&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1323&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1121&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1112&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1075&highlight=jar
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=334&highlight=jar
Servidor de Aplicacoes:
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=869&highlight=jboss
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=554&highlight=servidor+aplicacao
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=213&highlight=servidor+aplicacao
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=1394&highlight=jboss
http://www.guj.com.br/forum/viewtopic.php?t=630&highlight=jboss
Em relacao a protecao do codigo, realmente existem programar para descompilar partes do codigo, mas eh muito dificil a pessoa conseguir recompilar o programa.
O que geralmente eh feito, nesses casos, eh usar os chamados “obfuscadores de codigo”, o qual embaralham o codigo compilado, deixando ele extremamente impossivel de ser entendo se for decompilado.
Em tempo: use a opcao “pesquisao” do forum, voce vai encontrar muita coisa respondida ja 
Rafael
Sobre arquivos jar, dê uma olhada no próprio site da Sun:
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/jar/index.html/
[]s
Vamos la amigo, vou dar minha visao sobre suas perguntas…
1 - Servidor de Aplicação…exemplos…tomCat, JBoss, WebSphere Aplication Developer…o proprio nome ja diz…são servidores de aplicação…vc desenvolve um programa para web, por ex, e roda stand alone em um servidor de aplicação, com o auxilio do browser.
2 - Arquivo jar, ao contrario do que muitos pensam eh apenas um arquivo zipado com os .class, ou seja, não gera um executavel…existe no windows, ou melhor, no jsdk para windows um arquivo, se nao me engano eh javawin.exe, que ao dar dois cliques em um arquivo jar ele executa, quanto a linux, dai ja nao sei.
A sua 3 pergunta fico devendo…os .class são bytecodes, mas sim, existem programas que revertem o processo da criação do .class, fazendo com que, vc tendo um .class vc consegue ver o codigo, por isso, em relação a segurança lhe fico devendo…
Ate mais…