Quem falou em arquivos dentro do jar?
Bem, se você realmente tivesse lido as várias documentação que falou, ao invés de simplesmente ido direto nos códigos fontes, você teria visto que tudo isso só funciona se você exibir a splash screen através da linha de execução do programa.
A partir do Java 6, a Sun criou um recurso na VM para que exiba uma imagem de splashScreen antes mesmo que sua primeira classe Java suba. Na verdade, a imagem é exibida antes que a VM suba completamente. Para isso você precisa fornecer na linha de comando o argumento -splash:seuSplash.png, ou fornecer um parâmetro extra no classpath (a sintaxe exata está no post do tivrfoa, acima).
A mesma documentação diz que, após sua aplicação subir, será possível requisitar uma instância desse splash screen, desde que ele tenha sido exibido, usando o método getSplash(), e que esse mesmo método retornará null, caso o splash não tenha aparecido (por exemplo, seu usuário pode ter deletado a imagem de splashScreen).
Finalmente, a documentação também diz que o Splash desaparecerá automaticamente, assim que a primeira janela do Swing for exibida.
Uma dica: Leia atentamente a documentação. Não corra direto nos códigos fontes. Ela realmente diz coisas importantes.