Espero que o “thin client” rode apenas o servidor X (só a parte de visualização); o resto tem de rodar em um servidor normal. Mas o Firefox é bastante pesado para rodar no servidor - eu vi isso em um thin client Solaris. Espero que a parte do Flash não tenha animações com taxa de refresh muito rápida - elas “matam” a banda de rede do Thin Client.
É por isso que o processador é esse - se você abrir uma máquina dessas vai descobrir que o processador nem tem ventilador no cooler, ou seja, ela é bem lenta para processar, e só é adequada para efetuar a visualização dos dados (como se fosse o Remote Desktop do Windows).
Quanto ao kernel 2.6 ele deveria estar mostrando apenas uma instância do Java (ou um pouco mais, se você tiver o Derby rodando em uma JVM separada), a menos que você esteja com 20 instâncias do Tomcat, o que não deve estar ocorrendo porque para configurar o Tomcat com 20 instâncias você tem de ralar um pouco 
No caso específico do Red Hat, mesmo com o kernel 2.4 aparece apenas 1 instância do Java por JVM, não 20 (uma para cada thread). Acho que isso só ocorre se você setar uma variável de environment que normalmente só é necessária se você vai rodar algo que não funciona direito com o kernel 2.6 (acho que o IBM DB2 é assim.)