Usuário define quantas instacias serão feitas para um obje

...

MinhaThread threads[] = new MinhaThread[ numeroInstancias ]; //  Array de  Threads com o número definido pelo usuário

for ( int i = 0; i < threads.length; i++ ) // Popula o Array com instâncias de MinhaThread
    threads[ i ] = new MinhaThread();

...

public class Vetor {
	public int Vet[],Vet2[];
	private int NumeroInicial,NumeroFinal,UltimaPosicao,PrimeiraPosicao,QTDPosicao;
	
	public void Inicializa(){
		Vet=new int[100001];
		Vet2=new int[100001];
		NumeroInicial=0;
		NumeroFinal=0;
		UltimaPosicao=0;
		PrimeiraPosicao=0;
		QTDPosicao=0;
	}
	
	public void InsereVetor(){ 
       	int i=0;
       	while(i <= 100000){
       		if(i <= Vet.length)
                Vet[i] =(int)(Math.random()*100000);
       	i++;
       	}
	}
	
	synchronized public void OrdenaVetor(int NI,int NF, int VetAux[]){
		int Aux1,Aux2;
		NumeroInicial=NI;
		NumeroFinal=NF;
		QTDPosicao=0;
		
		for(int i=0; i<=100000; i++){
			if((Vet[i]>=NumeroInicial)&&(Vet[i]<=NumeroFinal)){
				VetAux[0]=Vet[i];
				i=100000;
			}
		}
		
		for(int j=0; j<=100000; j++){
			if((Vet[j]>=NumeroInicial)&&(Vet[j]<=NumeroFinal)){
			if(Vet[j]>=VetAux[QTDPosicao]){
				QTDPosicao=QTDPosicao+1;
				
				VetAux[QTDPosicao]=Vet[j];
			}else{
				Aux1=Vet[j];
				for(int a=0;a<=QTDPosicao;a++){
					if(VetAux[a]>Aux1){
						Aux2=VetAux[a];
						VetAux[a]=Aux1;
						Aux1=Aux2;
					}
				}
				if (j<100000){
					QTDPosicao=QTDPosicao+1;
					
					VetAux[QTDPosicao]=Aux1;
				}
				
			}
		}
			}
	}
		
	synchronized public void InsereOrdenado(int VetAux[]){
		int n=0;
		UltimaPosicao=UltimaPosicao+QTDPosicao;
		for (int b=PrimeiraPosicao; b<=UltimaPosicao; b++){
			Vet2[b]=VetAux[n];
			n++;
		}
		PrimeiraPosicao=PrimeiraPosicao+QTDPosicao;
	}
	
	public void ImprimeVetor(int PIni,int PFin){
		int i=PIni;
		
       	while(i <= PFin){
       		if(i <= Vet2.length){
                System.out.println(Vet2[i]+" i "+i);
                
       		}
       		i++;
       	
       	}
       	System.out.println("Ultimaposicao "+UltimaPosicao+" QTDPosicao "+QTDPosicao+" PrimeiraPosicao "+PrimeiraPosicao);
	}
}



class Ordena extends Thread{
	private int VetAux[];
	private Vetor V;
	private int NI,NF;
	
	public Ordena(Vetor VAux,int I,int F){
		V=VAux;
		NI=I;
		NF=F;
		VetAux=new int[100001];
	}
	
	synchronized public void Run(){
		V.OrdenaVetor(NI,NF,VetAux);
		V.InsereOrdenado(VetAux);
	}
	
}



public class Inicio {

	public static void main(String[] args) {
		
		
		
		Vetor V;
		V = new Vetor();
		V.Inicializa();
		V.InsereVetor();

		threads[] = new Ordena(V,0,100000) ;
		  //  Array de  Threads com o número definido pelo usuário 
		for ( int i = 0; i < threads.length; i++ ) // Popula o Array com instâncias de MinhaThread 
		    threads[ i ] = new Ordena(V,0,10000); 

		
		
		
		V.ImprimeVetor(0,100000);
		
	}
}

synchronized public void InsereOrdenado(int VetAux[]){
	int n=0;
	UltimaPosicao=UltimaPosicao+QTDPosicao;
	for (int b=PrimeiraPosicao; b<=UltimaPosicao; b++){
	
/*
ESSA ATRIBUIÇÃO ESTÁ INCORRETA, POIS TU ESTAS TENTANDO ATRIBUIR UM INT ( VetAux[n] )  
PARA UM ARRAY DE INT ( Vet2 ). ACREDITO QUE O TU QUERES FAZER EH ATRIBUIR O VALOR DE
( VetAux[n] ) PARA UMA POSIÇÃO DE VET2, SENDO ASSIM TERIA QUE SER ALGO ASSIM:
vet2[ posição_que_eu_quero] = vetAux[n];
*/
	Vet2=VetAux[n];


	n++;
	}

threads[] = new Ordena(V,0,100000) ;

/*
SE A TUA IDEIA ERA DECLAR UM ARRAY DO TIPO THEREAD ESTA ERRADO.

DECLARAÇÃO DE UM ARRAY: TIPO_DO_ARRAY NOME_VARIAVEL[] = new TIPO_DO_ARRAY[ NUMERO_POSICOES ] ;

SE FOR ISSO FICARIA MAIS OU MENOS ASSIM:

Theread threads[] = new Thread[ numero_x ]; // teria que importar: java.lang.Thread;



*/