O ambiente do GAE/J é bem peculiar. Muitas coisas que você poderia fazer normalmente em uma aplicação padrão, no GAE/J não é possível. Muito disso se deve ao fato de ter um ambiente distribuído e também por causa do banco de dados BigTable.
Quanto a ser ambiente distribuído você não consegue fazer coisas à nivel de classloader, não consegue acessar filesystem, threads e afins. Quando ao banco de dados, relacionamentos many-to-many e joins não são possíveis. Mais sobre isso você encontra na documentação do GAE/J.
Como o bacofrb citou, dê uma olhada na documentação do site que descreve bem o que você precisa para mexer no ambiente do GAE/J. Além disso, se você não quer usar o blank-project você precisa importar o jar do vraptor-gae-plugin (que tem no site do vraptor) em seu projeto.