No seu caso, é melhor usar o RandomAccessFile, não o FileReader, para ler o tal arquivo CNAB. É que ele tem um header de comprimento fixo, e linhas de comprimento fixo também, mas o comprimento do header é diferente do comprimento das linhas. Não é preciso usar o FileChannel, a menos que você queira usar também aqueles métodos que permitem o acesso compartilhado por vários programas (sharing). Converta o array de bytes resultante da leitura de uma linha com new String (bytes, "ISO-8859-1") (supondo que a codificação da acentuação do arquivo seja a do Windows).
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