Só pra documentar e "google-lizar" ...
Eu estava tendo um problema parecido.
Mas a mensagem de erro era bem maior.
Estava tentando fazer update do eclipse 3.4.0 pro 3.4.2 e me dava o erro abaixo (testei fazer update do subclipse e deu certo).
Pra solucionar na execução do eclipse executei com "eclipse.exe -clean"
Aí deu certo.
O erro era esse:
An error occurred while collecting items to be installed
No repository found containing: org.eclipse.ant.ui/osgi.bundle/3.3.1.v20090120_r342
No repository found containing: org.eclipse.compare/osgi.bundle/3.4.1.r34x_20090121
No repository found containing: org.eclipse.core.databinding/osgi.bundle/1.1.1.M20080827-0800b
No repository found containing: org.eclipse.core.databinding.beans/osgi.bundle/1.1.1.M20080827-0800a
No repository found containing: org.eclipse.core.expressions/osgi.bundle/3.4.1.r342_v20081203-0800
... e muito mais que ocultei pq aqui nao cria barra de rolagem pra quote gigante
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