Problema ao ler arquivo, quando o mesmo é atualizado

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Fiz uma classe que usa o objeto java.io.RandomAccessFile para ler dados de arquivos que são gerados diariamente. Eu só abro um novo arquivo para ler os dados, se o arquivo txt do dia anterior foi lido totalmente, e quando o arquivo que está sendo lido é o do dia atual eu fico verificando se chegou dado novo, através do tamanho do arquivo e do ponteiro, que é guardado em um arquivo .properties, para saber aonde a leitura parou, segue abaixo o exemplo da verificação:

O problema está na hora em que a classe fica esperando por uma atualização no arquivo do dia atual, sempre que o mesmo é atualizado é gerada uma exception java.io.EOFException, que significa que o arquivo chegou no final, mas existe dados novos no arquivo, alguém saberia explicar pq está acontecendo isso?

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