É simples, quando vc for instalar o programa na primeira vez vc coloca no nome do diretório de instalação a versão. Por exemplo:
C:\Program Files\Sua org\Seu programa 1.0
Então quando vc rodar a instalação por exemplo da versão 1.2 o Inno Setup vai instalar numa pasta diferente.
C:\Program Files\Sua org\Seu programa 1.2
Mais informações aqui http://www.innosetup.com/isfaq.php
EDIT: Adicionei o link do faq do innosetup
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