cara...o problema não esta no seu eclipse, nem no netbeans.....
aparentemente eh a configuração do seu tomcat, eu aconselho vc a fazer um downgrade do tomcat pra versão 5.X q eh stable....a 6.x ainda eh beta pelo q eu entendi no site do tomcat....outra coisa, instala o plug-in pro tomcat da sysdeo....vc vai configurar seu tomcat pelo eclipse e vai ficar tudo muito simples.....
maaaaaaaaaassss...eu posso estar totalmente errado em relação a isso, e o q esta errado eh seu codigo mesmo....
vc disse:
de uma hora p/ outra apareceu esse erro
cara, alguma coisa vc mudou pra começar a dar o erro....
falow!