Eae, blz?
Por que você não escreve uns testes unitários para a sua camada de persistência?
Existe um framework chamado DBUnit que pode te ajudar a fazer isso. Dessa maneira você testa as consultas mto rápido e também já tem uma cobertura de testes para testar as alterações nas consultas.
Existe um custo, é claro, para adicionar isso ao seu sistema, mas esse custo vai se pagar com toda ctz.
Caso a opção acima não lhe interesse, o SQuirrel SQL tem um plugin para o Hibernate, mas nunca utilizei. Nesse tópico tem um pessoal que já utilizou o mesmo.
Abs
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