Javadoc e pelo menos um diagrama de classe, pois ajuda muito na hora de visualizar o modelo sem apelar para o código (pelo menos um diagrama contendo a modelagem de uma parte complexa do sistema).
Nas minhas documentações, utilizo o JavaDoc e também alguns diagramas para as partes complexas do sistemas.
Eu ja gosto da idéia da metodologia agíl, apesar de não seguir alguma em especifico. Uma coisa que gosto de fazer e que quando estou desenvolvendo o código, dependendo do nível de complexidade ir fazendo em paralelo um diagrama em UML. E também uma das coisas importantes o teste do sistema.
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