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David, pesquisa mais sobre hibernate pra descobrir pq sua app ficou bem mais rápida. Usar o hibernate sem entender o porque das coisas é bastante perigoso.
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O motivo de ficar lento é porque você criava uma SessionFactory para abrir cada Session. Isso não é necessário, você pode ter uma SF por sessão(@SessionScoped) ou por aplicação(@ApplicationScoped), se você não tiver consultas monstruosas no banco que tornem as queries longas demais.
Sem contar também que você instanciava classes que não era necessário, isso também demanda um tempinho.
Se você usa o Spring como container do VRaptor, mas usa ele somente por isso, você pode usar o Google Guice que é bem mais rápido que o Spring. O problema do Guice é que ele não tem algumas funcionalidades que o Spring tem, mas se você usar somente como container, pode trocar.