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O JDic sofre de um problema crônico no windows XP. Com frequência, o ícone desaparece da bandeja quando o usuário passa sobre ele com o cursor do mouse, muito embora a aplicação continue executando.
Já o Systray4J é bem estável pois tenho uma aplicação rodando com ele em vários clientes a mais de 1 ano e meio.
Pessoalmente achei o JDic mais fácil de usar, os menus seguem o LaF da aplicação e você pode utilizar ícones nos formatos suportados pelo Java (PNG, GIF, GIF animado, etc). Já o Systray4J é um pouco mais enjoado, apresenta os menus no padrão do windows e você pode utilizar apenas arquivos ICO.
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Só uma informação que muitos já devem saber mas a partir do Java 6.0 essa opção de colocar o icone do seu aplicativo na taskbar no OS será nativo do JAVA, ele possui uma API que cuida disso e tem seu funcionamento extendido a todos os OS sem a necessidade De JNDI.