o synaptic como o apt-get são duas formas úteis de se instalar que fazem todo o trabalho para você, mas eu aconselho (caso você queira saber e aprender realmente o que está fazendo) você usar a forma na 'unha' pelo terminal.
no tutorial quando diz "/home/usuario" quer dizer que é o seu usuário, o que você baixou o jdk, e a pasta /Java indica a basta que está o arquivo, se você baixou no desktop ficaria /home/seu-usuario/Desktop/...
Consegui intalar o JDK e apareceu um ícone com o nome NetBeans 5.0. É isso mesmo que tinha que aparecer?
sim, você baixou a versão que vem com o NetBeans junto, então ta td instalado 
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