Galera, criei este post no GUJ Respostas, mas ainda não tem nenhuma resposta, se alguém puder ajudar!
Desde já agradeço.
A collection with cascade="all-delete-orphan" was no longer referenced by the owning entity instance
olhei rapidamente mas pelo que entendi se o relacionamento Equipe - Meta for @ManyToMany vc não precisará criar uma entiade Equipe_Metas o próprio JPA reconhece isso e cria a tabela de relacionamento no banco.
Obrigado @lucciano01, apesar deste post ser antigo, ainda não foi resolvido! Fiz um “gato” pra poder prosseguir, vou verificar essa questão, eu havia me esquecido que o JPA tem esse tipo de recurso! Agradeço a ajuda.