Abrir pop-up

Faça um “timer” na sua janela para que esta fique dando o foco nela mesma a cada segundo, por exemplo.

Hmmm… situação problemática em potencial. Acho que a melhor saída é mudar a lógica dessa parte do seu sistema.

Uma saida que eu acharia mais viavel seria usar um div para simular esse seu popup.
Use 2 divs, uma para a parte inteira do formulário, e outra somente para esse popup. Deixe o div do popup flutuante, e quando você precisar acioná-lo, chame uma função que, deixe o div com a aplicação inteira em branco (visibility = hidden) e depois que fizer o que precisa, chame deixe visivel (visibility = visible).

Falou

O esquema do “div” com “absolute positioning” está sendo usado agora em muitos lugares para substituir as janelas pop-up (um recurso que foi muito abusado).
É importante ir removendo as janelas pop-up de seus sites, porque com o Firefox e a nova versão do Internet Explorer (7.0, ou então 6.0 em Windows 2003 SP1 ou Windows XP SP2), elas serão progressivamente desabilitadas.