Acessando várias pastas e lendo conteúdo dos arquivos.... como?

Daí interar cada um e:

BufferedReader bf = new BufferedReader(new FileReader(arq));

String linha = br.readLine();

/**
 *
 */
package br.pro.peron.nucleo.regex;

import java.io.File;
import java.io.FilenameFilter;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Iterator;
import java.util.regex.Pattern;

/**
 *
 */
public class PathPattern implements FilenameFilter {

	private ArrayList patterns;

	private boolean regexp;

	private boolean acceptdir;

/**
 * 
 */
package br.pro.peron.nucleo.arquivo;

import java.io.File;
import java.io.FilenameFilter;
import java.util.ArrayList;

import br.pro.peron.nucleo.regex.PathPattern;

/**
 *
 */
public class FileLister {

	/**
	 * 
	 */
	public FileLister() {
		super();
		// TODO Auto-generated constructor stub
	}

	
	public ArrayList listFiles(String dir, String filtro, boolean recursive, boolean regexp) {
		ArrayList result = new ArrayList();
		File d = new File(dir);
		if (d.exists() && d.isDirectory()) {		
			PathPattern f = new PathPattern(filtro, regexp, recursive);
			ArrayList tmp = processDir(d, f, recursive);
			result.addAll(tmp);
			
		} else { 
			//da merda aqui
		}
		return(result);
	}
	
	
	private ArrayList processDir(File dir, FilenameFilter filtro, boolean recursive) {
		File []lista = dir.listFiles(filtro);
		ArrayList files = new ArrayList();
		for (int i = 0; i < lista.length; i++) {
			File elem = lista[i];
			if (elem.isDirectory()) {
				if (recursive) {
					ArrayList tmp = processDir(elem, filtro, recursive);
					files.addAll(tmp);
				}
			} else {
				files.add(elem);
			}
		}
		return(files);
	}
	
	
	
}

public static ArrayList readFile(InputStream is) {
		try {
	        BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
			return(FuncFiles.readFile(in));
	    } catch (Exception e) {
			return(new ArrayList());
	    }
	}

//traz todos os arquivos da pasta D:\Temp que tem filtro *.txt, recursivamente, e filtra por wildcard e nao por expressao regular
    FileLister f = new FileLister();
    ArrayList files = f.listFiles("D:\\Temp", "*.txt", true, false);
    
    //ai eh so percorrer os arquivos no array

		for (Iterator iter = arquivos.iterator(); iter.hasNext();) {
			File element = (File) iter.next();
			//le o conteudo do arquivo com a fucao acima em uma de suas classes
			ArrayList fcontent = suaclasse.readFile(element.getAbsolutePath());

                       //percorre as linhas do arquivo, faz o que vc quer, e pronto!

                }