Eu fiz uma classe no NetBeans que abre um arquivo desta forma
file = new FileInputStream("cliente.txt");
data = new DataInputStream(file);
no NetBeans 3.6 eu só coloquei no mesmo diretório da instalação do NetBeans 3.6 e deu certo, usando o NetBeans 4.0 ele não consegue achar os arquivos, tentei colocar em quase todas as pastas no diretório da instalação do NetBeans 4.0 e não dá certo…