Antes de criar esse topico eu li varios outros topicos que falavam sobre esse assunto, mas todos falavam que para adionar o jInternalFrame no jDesktopPane era somente da um add no desktopPane, mas isso nao adiantou, a internalFrame nao aparece.
O codigo esta assim:
this.jDesktopPane1.removeAll();
MarcarConsulta marcarConsulta = new MarcarConsulta();
jDesktopPane1.add( new MarcarConsulta() );
(marcarConsulta é um internalFrame)