Ajuda com Javascript + iFrame

Tu pode ou:

1. usar AJAX

2. fazer uma gambiarra no onload da sua página pegando um parametro passado por GET para a página em questão e atribuindo ao seu iframe.

Olá tudo bem ? Pelo que entendi você quer abrir os links em um Div específico que vai funcionar como um div de conteúdo é isso ?
Tipo ,você tem um menu do lado esquerdo e quer abrir o conteúdo do lado direito , sendo que esse esquema é mais ou menos a idéia de um iframe. Bom dá fazer isso de várias formas, usando Ajax ou QueryString PHP por exemplo
Com Ajax fica assim:

<script>
$(document).ready(function() {
	$("#link1").click(function(event) { //Id do Link
        $.ajaxSetup({cache: false});
		$("#conteudo").load('pagina.html'); //Carrega pagina.html dentro do div conteudo
	});
   })
</script>

Um exemplo de como fica nos links do menu :

<a href="#" id="link1"> Página 1 </a> 
<div id="conteudo" > As página são abertas aqui </div

Dessa forma não existe necessidade de você usar iframe, que aliás, já é tido como um recurso extremamente obsoleto, todos os links serão abertos dentro do div conteudo , esse div nem necessita ter altura definida.