Ajuda em Eclipse + J2EE o coisa dificil

Galera,
venho aqui pedir ajuda para usar essa IDE com J2EE porque está dificil. Estou com o plugin do tomcat e o lomboz. Ja até consegui fazer uma aplicação em JSP rodar mas não consigo entender direito os conceitos. Estou acostumado com o Jbuilder e Netbeans. Eles trabalham com projetos e replicam os JSP’s compilados na pasta webapp do tomcat que vem com eles tornando mais simples o manuseio. Aqui pelo que entendi tem que trabalhar diretamente na pasta do tomcat instalado na maquina. Mas estou com dificuldade para debugar pois nem o breakpoint eu consigo colocar. Se tiver algum link bom explicando como funciona eu agradeço. Gostaria de saber tambem se precisa de algum plugin para a IDE mostrar o numero das linhas na parte esquerda do editor. Aqui tiquei a opção mas não funciona.
Obrigado a quem responder.

Oi

Olha, eu uso o Eclipse com o Lomboz aqui, ele inicia o Tomcat, faz o Deploy, gera um WAR da aplicação, etc, etc, etc… enfim, ele faz tudo, pra isso tu só precisa configurar o Lomboz corretamente… De uma lida no tutorial do link abaixo:

http://www.portaljava.com/home/modules.php?name=News&file=article&sid=613

T+

Ja vi esse link da página não encontrada. O fato é que nos JSPs a opção para incluir breakpoint está desativada. Simplismente não consigo debugar.