Não sei se entendi direito sua dúvida, mas segue uma ajuda:
O JCheckBox tem, dentre todas suas funções, uma função onde você pode marcar/desmarcar o checkBox e outra para buscar se ele está ou não selecionado. Seguem exemplos:
JCheckBoxcheck=newJCheckBox("Texto exemplo");check.setSelected(true);// Marca o checkBox como selecionadocheck.setSelected(false);// Deixa o checkBox desmarcadobooleanb=check.getSelected();// Retorna true se marcado// false se desmarcado