Alteração no Banco com TomCat Iniciado

Fala galera, gostaria se saber o seguinte…

Tô usando uma aplicação com TomCat 5.5, MySQL, usando Hibernate.

E eu não consigo fazer uma alteração direta no banco, tipo usando um script (fora do sistema) com o sistema iniciado.
O sistema só reconhece a alteração quando eu reinicio o TomCat.

Porém, eu já fiz isso com SQL Server e funcionou.

Eu gostaria de saber se o MySQL não aceita isso, ou eu tenho que colocar alguma configuração?

Obrigado.