Ambiente totalmente "mesclado"

Aqui na empresa estamos padronizando algumas coisas e passamos a usar o svn, netbeans e o eclipse.
Sendo que os diretórios dos desenvolvedores ficam em um servidor para poder fazer backup e se ter um controle maior, mas ai que está o problema. As workstations são em windows e o servidor é em linux, então, foi utilizado o samba para esta integração.
Sendo que toda vez que os desenvolvedores querem compilar o projeto demora muito e o netbeans e o eclipse fica bem mais lento.
Gostaria de saber as opiniões de vocês e como é que foi criado em outras empresas este ambiente de desenvolvimento?