com relação a sua duvida eh o seguinte.
:arrow: o plugin sysdeo funciona apenas para o eclipse 3.1 se vc estiver usando outra versao do eclipse
use o merve (nao me lembro se este eh o nome exato).
:arrow: com relação ao vista nao sei lhe dizer pois nunca usei.
:arrow: sobre o tomcat 6. Eu atualmente estou usando ele e ainda nao tenho nada a reclamar !