API para escanear documento

Vamos por partes…

1. A aplicação precisa ser multiplataforma ?
   Se precisar, vai ter um trampo considerável, pois primeiro o scanner precisa funcionar legal em todos os SOs e muito provavelmente você terá de escrever algo em C e usar por JNI.

2. Os scanners serão os mesmos ???
   Se forem vai ser mais simples, se não forem, de uma olhada se as funcionalidades consideradas padrão atendem sua necessidade. De também uma olhada no twain. De uma olhada também aqui: http://asprise.com/product/jtwain/ e uma pesquisa no google sobre twain também não fará nada mal…

3. Após o documento ser escaneado, você precisará alterar ele como uma imagem ou quer alterar o conteúdo de texto dele ???
   Se for como uma imagem, é uma manipulação de imagem como qualquer outra, caso contrário precisará primeiro passar por um software de OCR. Talvez esse te atenda:
   http://sourceforge.net/projects/javaocr/

É uma aplicação Java Web.

Essa descrição que você deu a princípio não combina com aplicação web… informe em mais detalhes como é o funcionamento que você tem em mente.

Eu ainda não sei como ficaria a regra de negocio, mas de ante mão, acredito que seja:
Pegar um arquivo img escaneado e converter para que eu possa editar o texto presente na imagem, ou seja… ler os caracteres da imagem para modificar o texto.

Aplicação Web ??? Java ??? Não terá como fugir de applet neste caso…
O problema é que fazer algo com applet nos dias de hoje é complicado, chato devido as inumeras restrições.
Da uma olhada no jtwain, veja o WebDemo (é uma applet).
http://asprise.com/product/jtwain/webdemo.php

Ele unido a um OCR resolve seu problema.

felipevs:

acredito que seja:
Pegar um arquivo img escaneado (…)

ESSA sim é a parte complicada!!!
Como o jmmenezes sugeriu, pesquise sobre OCR.