Exemplo:
Suponhamos que você irá usar o MySQL.
No Winxp: após a instalação será aberta uma janela para “Configuração de instância”, em determinado “passo” desta configuração, haverá a opção “Install as Windows Service”. Marcando esta opção, o MySQL será carregado na inicialização do Windows, tirando de você a necessidade de ter de clicar em alguma coisa para iniciar o banco, pois ele estará, teoricamente, “sempre” rodando.
No WinMe/98(vou explicar a idéia quem e veio à cabeça agora): vamos supor que você instalou o MySQL em C:\mysql, então você criará um arquivo bat contendo o seguinte:
cd C:\mysql\bin
mysqld
exit
Salve o arquivo com a extensão *.bat e o nome pode ser qualquer coisa, algo como Run MySQL.bat, por exemplo. Vá até Iniciar -> Programas -> Inicializar. Dentro desta pasta você põe o arquivo *.bat criado. Desta forma, toda vez que você iniciar o Windows, uma janela do prompt do Windows será aberta por alguns segundos na sua tela, essa janela será o seu arquivo *.bat sendo executado para carregar o MySQL.