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Seguinte: quero escrever um app que inicialize junto com o sistema mas ele não deve fazer nada nem exibir nada até que o usuário entre com comando no teclado tipo Ctrl+8. Alguém pode me ajudar com alguma dica? não sei que classe ou método mantém o app em wait.
Arigato Gosaimasu 
É o Windows que deve ficar travado ou é o seu programa que deve ficar travado?
opa, olá thingol, é o programa que deve travar.
Acredito que esse seja um bom começo… mas talvez você tenha que adaptar alguma coisa, dependendo de como seu programa inicia:
http://java.sun.com/developer/JDCTechTips/2003/tt0624.html#1