Aplicativo Funciona no Eclipse, porém dá erro em produção

Tenho um aplicativo que funciona normalmente em eclipse, executa todas as suas funções

é uma aplicativo emissor de NF-e,

possui a opção de selecionar se será utilizado um certificado A1 (digital em arquivo “.pfx”) ou A3 (Smart Card/Token)

com A1, funciona perfeito tanto num, quanto no outro (ou seja, estão certos os WebServices e seus parâmetros de conexão) mas com A3:

ambos assinam o arquivo .xml…

mas só envia pelo eclipse, em produção ( “.jar” ) ele manda esse erro:

SSLHandshakeException: Error signing certificate verify

eis que pergunto, qual a diferença do eclipse pro “.jar”? Não utilizam a mesma JRE? Se não utilizam, como faço para utilizar a do eclipse para produção? onde posso estar errando?

Ps. sim, é claro que exporto as bibliotecas junto com o .jar