Vamo lá…
Depende do tipo de aplicativo. Depende mais da forma como vc programa do que da JVM. Hoje o java não é mais interpretado. Ele é, na maioria das VMs, compilado em codigo de maquina em tempo de execução. Nem todo o código é compilado, mas partes do código que a VM acha necessária.
Isso não existe uma resposta definitiva. Mas em geral pra aplicações normais (Janela e componentes UI) é como qualquer outro programa em qqer linguagem nativa.
Existem vários tópicos sobre isso, se vc der uma pesquisada vc vai encontrar o que precisa.
O JDK não, apenas a JRE. JDK é pra desenvolvimento.
Veja bem, a grande maioria do jogos que vc compra pra PC, vem com o DirectX embutido, sendo que se vc não instalá-lo vc não pode rodar o jogo ! 
É a mesma coisa com o java. Vc pode colocar a JRE junto com teu aplicativo, para que seja instalada ou dizer para o cliente ir pegar na Sun. Mas nesse caso o legal é vc fazer uns Installer que pede pra instalar o JRE antes da tua aplicação.
4- o arquivo .jar é um unico arquivo contendo todas as classes e etc ? se for um grande projeto como vou move -lo se possui grante tamanho??
Como assim movê-lo?? Vc quer dizer, entregar pro cliente?
Ué… faz um CD

Hehehe… explica melhor o que vc quer saber com essa pergunta!
Falow… espero ter esclarecido alguma coisa…