Ainda não entendi se você quer usar o servidor web com PHP ou JAVA dentro do Arduino. Isso não está claro e também não sei se é possível. Tem que pesquisar a documentação do Arduino Ethernet shield. Na outra ponta, do servidor remoto, você pode usar qualquer linguagem dinâmica (PHP, ASP, JAVA, etc).
Para se comunicar com o servidor remoto vc pode fazer uma chamada para uma determinada página, por exemplo:
…teuservidorremoto.com.br/recebe-informacao.php?hora_coleta=20110918091000&valor_sensor=120
Essa página recebe-informacao.php vai se encarregar de receber as informações, efetuar os tratamentos e validações, gravar no banco de dados e te devolver alguma informação (por exemplo, true ou false, se foi processado com sucesso.
Na mesma linha, você pode buscar informações, da seguinte forma:
…teuservidorremoto.com.br/busca-informacao.php?cliente=0001
isso pode lhe devolver uma string que você poderá tratar, tipo NOME#TELEFONE#EMAIL