Arquitetura web com bootstrap

Ola pessoal,
não sei se o título se encaixou bem na minha dúvida mais o seguinte…
Não sou muito experiente em desenvolvimento. Eu segui a apostila da caelum fj21 (que cria uma agenda web. Mas eu gostaria de saber em um aplicativo web qualquer (vamos pensar em coisa simples pois sou iniciante) tipo um cadastro/consulta de clientes, como que eu poderia integrar com um framework do tipo bootstrap nesse projeto? Como eu poderia utiliza=lo em uma página jsp, contando com o javascript, separando ele da minha jsp. Vi a utilização de taglibs ( é sempre assim )? Me desculpem se não fui muito claro em minha pergunta.