Arquivos Jar em aplicação existente [HELP]

Baixei uma aplicação java pra estuda-la e entender como funciona, nela pude notar uma pasta lib com varias .jar (uma delas é uma biblioteca apache Commons)
então extrair uma dessas .jar e obviamente foram geradas varias classes, logo depois descompilei e obtive os arquivos .java (que inclui a main da aplicação. A duvida é, como posso usar essas .jar em meu projeto e se é possivel usar a main dentro do jar, ou preciso criar packages e depois compilar para gerar .jar?