Arquivos .java misturado com .class - netbeans

Pessoal,

Estava compilando alguns arquivos ontem, terminei blz.

Passado os dias fui abrir o NetBeans e percebi que os arquivos estavam tudo misturado, ou seja, os .class que ficavam numa pasta separada, foram tudo parar dentro dos respectivos pacotes com os .java, ficando uma bagunça só

Como o projeto é grande, ficou uma bagunça só. Existe alguma config que possa ter mudado para ele ter feito isso? pois nao creio que uma simples compilacao iria mudar tudo…

E se você compilar tudo novamente continua do modo errado?

Vc se lembra de ter mudado alguma configuração?