Assinatura Digital X Netbeans

Bom dia,

Estou trabalhando em uma aplicação que precisa ser assinada digitalmente.
Tentei de duas formas distintas.

Na primeira, eu modifiquei o arquivo build-impl.xml gerado pelo Netbeans, adicionando na target -post-jar os comandos para assinatura. Utilizando essa opção, alguns jars são assinados, mas de repente acontece a seguinte exceção :
Até então, estou modificando o arquivo build do Netbeans. Mas estou me deparando com a seguinte exceção:

Signing JAR: C:\ProjetoECM\visualizadores\swing\SCapex\dist\lib\gnujaxp.jar jarsigner: unable to sign jar: java.util.zip.ZipException: duplicate entry: META-INF/

Na segunda opção, eu transferi os comandos de assinatura para um arquivo build-ass.xml separado e modifiquei o arquivo build.xml com o comando

<import file="nbproject/build-ass.xml"/>. 

Mas dessa vez, os jars não estão sendo assinados.

Gostaria de saber qual a forma mais correta de fazer essa tarefa? Se for alguma dessas opções, quais podem ser os motivos desses erros e como resolvê-los?

Desde já, muito obrigada a todos…