Associação de tipo de arquivo

Você precisa mudar a extensão do arquivo para não ser mais XML. Se deixar como XML, você vai ter a desagradável surpresa de que qualquer arquivo XML - QUALQUER - seja processado por seu arquivo, o que não é desejável.

Mas isso não é problema, pois a máquina que vai usar esse sistema vai só fazer isso, não vai lidar com outros arquivos xml.

A associação é feita por 2 comandos de linha de comando: ASSOC e FTYPE.

Veja a documentação deles digitando

ASSOC /?

e

FTYPE /?

Você tem de fazer duas coisas.

1. Usar o Shell Open Command (procure por isso no google) para colocar no registro do windows uma chave que associa determinada extensão de um arquivo com um programa específico para a abertura da referida extensão. Observe que você precisará de um instalador para seu programa e esse instalador deve fazer a referida modificação no registro.
2. Seu programa deve receber parâmetros por linha de comando (lembra-se do String[] args do método main?). Acontece que quando você abre um arquivo pelo Explorer, por exemplo clicando duas vezes nele, o windows executa o programa que você associou no shell open command passando para ele como parâmetro o nome do arquivo que foi selecionado.