Atualização java apaga arquivos de referência

Sempre que o java atualiza, a pasta onde estão os arquivos de referência - mysql,ireport,calendar,joda-time - é substituída pela atualizada. Preciso então copiar tudo outra vez para a nova pasta. Isto acontecerá no computador do cliente onde está instalado o meu sistema? Sei que no pc cliente só é necessário o jre. Outra dúvida: como o sistema sabe da nova pasta, por exemplo, antes, jre1.8.0_91 e agora jre1.8.0.111 se na variável de ambiente ainda consta o caminho jre1.8.0_91 ? Obrigada,Nathalie.