Boa tarde,
Estou pensando em desenvolver um atualizador, como posso fazer para deixar ele sempre rodando mais em bacth!
Exemplo baixe o arquivo do FTP substituindo um volume de arquivos que estão com versão diferente da que se encontra no FTP.
Aguardo sugestões.
Em Java você usa o Quartz.
No sistema operacional, você pode usar o Cron ou o Agendador do Windows para ativar um programa ou script.
mais em batch do que no que? O que quis dizer com isso rapá… 
para deixar um programa executando sem parar, basta acrescentar na inicialização do windows a execução do seu jar com o comando “javaw -jar seujar.jar”. Para isto você deve pesquisar como adicionar um programa na inicialização do windows, você pode fazer via regedit mesmo. Se não for no windows eu não sei.
para seu programa ficar rodando e verificando atualização, basta você fazer um main com um loop eterno (while(true)), com um belo sleep é óbvio dependendo do processamento do loop. Se dentro do loop você estiver se conectando via socket à um servidor, por exemplo, o próprio timeout da conexão já seria esse sleep.
Boa sorte!