autoDeploy sem remover arquivos criados

Bom dia!

é possivel configurar o autoDeploy do tomcat para que não remova arquivos que são criados em runtime durante o uso da aplicação , ou o mais correto seria configurar um ant para mover fora do diretorio do projeto , fazer o deploy e volta-los depois ?

caso esteja usando pelo eclipse. Basta dar dois clico no tomcat na aba de servers e depois em publishing escolher a opcao Nerver publish automatically.

É ambiente de produção. tomcat7 & linux