Se eu associar um Elastic IP a um DNS, mesmo se eu parar a instância e ligar denovo, o IP vai continuar funcionando ou vai trocar de IP?
O IP irá permanecer…
Só tenha cuidado… pois Elastic IP que não esteja associado a uma instancia será cobrado.
Caso ele esteja sendo usado… tá tudo certo… 
Então, veja se entendi.
Quando eu tenho um Elastic IP sem nenhum DNS, quando eu desligo e ligo a instância, a referência da instância no Elastic IP é perdida?
Mas se eu tenho um Elastic IP linkado a um DNS se eu desligar e ligar a instância, ela se mantem??
Não.
O ElasticIP não muda… a não ser que você descarte ele.
Ele sempre será o mesmo enquanto estiver com você.
Eu apenas mencionei que a AWS se reserva o direito de cobrar por um ElasticsIP quando ele não está “atachado” a nenhuma EC2, ou caso a EC2 esteja desligada…
A questão de esse elastic IP estar em um DNS indifere eu acredito.
Mas sendo bem pontual na sua dúvida… o Elastic IP uma vez criado … nunca vai mudar… a não ser que você descarte ele e crie um novo.
Então, é que li em alguns lugares, que se eu parar minha instância e subir ela de novo, a referência dela no Elastic IP irá se perder.
O Elastic IP nunca muda… Até ai OK
Mas a referência da instância no Elastic IP se perde se eu parar e subir a instância de novo?
Não… jamais.
Se uma EC2 tiver um ElasticIP atribuido a ela… ela pode ser parada quantas vezes for necessario… o IP ficara o mesmo.