Banco de dados mysql + app Java [como usar banco de dados(tabela) e colo os dois no instalador]?

pessoal, como posso usar a tabela do meu mysql + meu app sem ser no mysql???, tipo quero tira-lo do mysql colocar no intalador e colocar no instalador para ir instalando em outras maquinas, enfim um sisteminha , tava vendo algumas coisas, e vi o InnoDB , e acho que ele faz isso,mas naum tenho certeza se e isso, criar tabelas Innodb, se for me ajudem como usa-la, se naumm , me orientem com fazer meu sistemas estar com banco de dados + app java claro no instalador.