Um arquivo dentro de um JAR não pode ser alterado.
O HSQLDB aceita usar bancos que foram criados dentro de um JAR apenas para você poder usá-lo como apenas de leitura (por exemplo, digamos que você tenha uma base de dados como a dos Correios, que você compra e vem em um CD - ela não pode ser modificada).
Se precisar alterar a base, você precisa criar diretórios até para o cliente poder fazer o backup da base (pelo método mais simples, que é o de copiar o arquivo depois de você fechar a base).