Alguem conheçe um recurso em JSF ou Struts para verificar se o bloqueador de popup do browser está ativo.
O correto é designar seu site de modo que ele não precise de popups. Se isso for estritamente necessário, então avise ao usuário para desabilitar o bloqueador para o seu site.
É claro que você pode tentar explorar alguma vulnerabilidade do browser para forçar a mostrar um popup na marra, mas como foi dito, se é uma vulnerabilidade, ela poderá ser corrigida e você terá uma solução que não funciona em todas as versões, só nas que não foram devidamente corrigidas.