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Às vezes o Eclipse fica maluco, tipo eu movo de lugar uma classe e ele não atualiza isso no Project Explorer. Ou aparece dois objetos com o mesmo nome na mesma pasta… Uma vez, sumiram meus pacotes de Java Resources: src
Sempre que acontece, tenho que reinicar o Eclipse. Pensei que era bug de versão mais peguei a mais nova do Europa e isso também acontece. Alguém sabe de algo?
Eu uso está versão 3.2.1
Nunca tive problemas, no máximo um F5 em cima do projeto e já está tudo certo! 
OBS: Isso tanto no win qto no linux.
Eu uso o 3.3.0 e tbm não tenho nenhum problema com isso…
Se realmente o problema é recorrente, acho q deveria baixar uma outro versão estável do eclipse.
abraço
No meu Eclipse tem hora que acontece umas coisas estranhas, eu uso o Europa.
Faço o build em um projeto1 que é utilizado em um projeto2. Quando vou debugar as classes do projeto1, não está com as alterações recentes, e sim com as antigas. Quando eu fecho o Eclipse e abro novamente, aí sim eu consigo debugar com as alterações recentes.