Caminho do arquivo com Input File

Alguns browsers manda(vam) o path completo do arquivo, outros só mandam o nome simples do arquivo, sem o diretório. (Acho que isso deve ser por requisitos de segurança ou privacidade).
É coisa do browser, não dá para consertar na sua aplicação.

Se isso for um requisito inescapável (daqueles que o cliente aceita que se pague qualquer coisa para ser preenchido), você pode usar uma applet assinada (ou Flash, ou extensão do Firefox) para subir o seu arquivo exatamente do jeito que você quer, o que considero que não vale a pena em 99,5% dos casos.