Cast de inputStream para XML

Pessoal, estou precisando fazer upload de arquivo xml na aplicação. Estou utilizando XMLEncoder e XMLDecoder para trabalhar com XML.
Pesquisei no forum sobre upload de arquivo, mas nenhum ajuda no meu problema.
Eu gostaria de saber como converter para um XMLDecoder o arquivo recebido.
Tentei fazer utilizando o UploadedFile do TomaHawk, com ele eu tenho o seguinte: uploadedFile.getInputStream();
Porém como eu converto devolta no meu XML? ou melhor no meu XMLDecoder para resgatar o objeto java serializado?
Estou perdido nesta parte.